20 éves kora körül besorozták a császári hadseregbe. Thébába érve viszont börtönbe vetették. Este a helyi lakosok élelmet vittek a foglyoknak, Pakhomiosz pedig megkérdezte őket, hogy kicsodák? Megtudta, hogy keresztények, és a Menny Istenének kedvéért bánnak így a foglyokkal. Pakhomiosz ekkor találkozott életében először keresztényekkel. Éjjel imádkozott a keresztények Istenéhez, hogy szabadítsa ki, s akkor élete minden napján az emberiséget fogja szolgálni. Nemsokára feloszlatták a sereget, Pakhomiosz pedig szabad lett. Dél felé indulva megállt Senészet keresztény faluban ahol betegápoló lett, majd – miután elhatározta magát a remete életre – 7 évet töltött az idős Szent Palamon irányítása alatt. Ekkor újra látomása volt: építsen hajlékot, mert az emberek sokasága özönlik hozzá. Valóban, hamarosan megjelentek a tanítványok: először saját öccse, János, majd kopt parasztok (fellahok) csatlakoztak hozzá. Kezdeti nehézségek után olyan sok jelentkező kért bebocsátást, hogy újabb és újabb – összesen 9 – kolostorok alapítása vált szükségessé. Pakhomiosz jó kapcsolatban állt a helyi püspökökkel, különösen az alexandriai pátriárkával Szent Atanázzal, aki fel is kereste őt.
